药物流产属于是人工流产中的一种，是利用激素类药物刺激子宫收缩排出孕囊，因此无法保证流产的完全性。实际上，药物流产作为一种人工流产，目前的成功率只有75%左右，因此药流未完全对女性的身体也会带来一定的危害。
医生称：药物流产只适合怀孕在49天之内的早期妊娠，如果使用不当或擅自药物，很有可能就会造成内分泌紊乱、流产不全等症状，对女性的危害很大。
内分泌紊乱：药流不单单会对肉体产生损伤，还会引起激素的变化，这种对身体的伤害是不容易察觉的。因为在药流所使用的药物当中，存在抗孕激素，它能够干扰孕酮对妊娠的作用，打乱内分泌，而机体就需要一定的恢复时间。
易造成流产不全：有的妇女用药后因不完全流产，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2-3倍，严重者还可出现大出血，导致贫血、休克，此时需输血并紧急手术刮宫止血等。
引发妇科炎症：妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳，阴道出血时间较长，可持续2-3周，甚至1-2个月，长期慢性失血可引起抵抗力下降，这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。
月经失调：抗孕药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至排卵。个别妇女药物流产后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。
影响以后的正常妊娠：未婚妇女如反覆妊娠、反覆流产，可造成子宫内膜反覆受损。由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，易发生前置胎盘，可引起产前大出血，也有些妇女由于多次人工流产而出现习惯性流产。
此外，药流后容易出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等不良反应，少数患者还会有发热症状，如果症状较轻的话，可以不用处理，但是如果症状严重的话，就要及时到医院检查，进行处理。
正是由于药流对于女性来说损伤较大，因此现在更多的女性会选择损伤小的无痛人流手术。莆田盛兴医院引进的微管可视无痛人流技术能够准确的定位孕囊，同时应用柔软可弯曲的吸管将孕囊轻柔吸出，拒绝误吸损伤子宫，手术更快更安全。
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